Patogeneze je medicínský pojem pro popis toho, jak se nemoc zrodí a jak se v čase rozvíjí, tedy jaké děje v organismu propojují vyvolávající vliv s následnými funkčními a tkáňovými změnami a s klinickými projevy. Název vychází z řeckých slov pathos (choroba, utrpení) a genesis (vznik). V přístupu označovaném jako Pathogenesis causalis se klade důraz na příčinné souvislosti, hledají se hlavní i přispívající faktory a podmínky, které společně umožní vznik a průběh chorobných procesů, často včetně vlivů prostředí a odpovědi hostitele.