Autoinokulace je samopřenos infekčního agens v rámci téhož těla, kdy se původce z původního ložiska zanese na jiné místo organismu a vytvoří tam nové sekundární ohnisko, často například nechtěným mechanickým přenosem na poraněnou kůži nebo sliznici. Na rozdíl od nákazy z okolí jde o šíření již přítomné infekce uvnitř jednoho hostitele.