V molekulární biologii jde o enzym, který umí přestřihnout fosfodiesterové vazby uvnitř vlákna nukleové kyseliny, typicky DNA, a tím naruší její souvislost a rozdělí ji na kratší fragmenty. Na rozdíl od exonukleáz neodštěpuje jednotky postupně z konců, ale provádí řez přímo uvnitř řetězce, čehož se využívá například u restrikčních enzymů nebo při některých procesech oprav DNA.