Chronofyziologie je část fyziologie, která sleduje, jak se u zdravého organismu v čase mění a navazují základní životní funkce a děje, tedy jejich časový sled a rytmicitu během dne i v delších cyklech. Termín se odvozuje od řec. chronos a z označení physiologia a obor je blízký chronobiologii, například výzkumu cirkadiánních rytmů.