U buňky jde o členění jejího vnitřního prostoru na samostatné, membránami vymezené oddíly, které se liší funkcí i chemickým složením. Patří sem organely, ale také ne zcela uzavřené prostory (např. oblasti vytvářené mitochondriálními kristami). Díky tomuto prostorovému rozdělení mohou katabolické a anabolické procesy probíhat ve různých částech buňky současně, ale nezávisle na sobě.