Fagosom je membránou ohraničený váček uvnitř fagocytu, který se vytvoří při pohlcení částice a na určitou dobu v sobě uzavírá přijatý materiál, například mikroba či buněčné zbytky. Často pak splyne s lysozomy, kde se obsah enzymaticky štěpí. Název je odvozen z řeckých slov fagein (jíst) a soma (tělo).